當 EM·1 中的微生物群(包括乳酸菌，酵母菌和光養細菌)激活環境中的天然微生物並發揮其內在力量時，就會產生EM的有益作用。

EM·1 中所含的乳酸菌，酵母菌和光養細菌具有發酵有機物質的能力。EM 發酵和分解的堆肥在土壤中分解並被植物吸收。而且，EM 包含許多有助於植物生長的有用成分。在水環境中，EM 通過發酵分解污泥，並使其他微生物和原生動物很容易食用分解產物。此外，除微生物外，EM 還包含由各種微生物產生的代謝產物，這些代謝產物將激活土壤中已經存在的微生物，並有助於使微生物組多樣化。微生物是生態金字塔的基礎，因此，當土壤中的微生物多種多樣時，土壤中的生態系統將以各種方式富集。

EM 中包含的乳酸菌，酵母和光養細菌具有發酵有機物質和防止腐敗的能力。當用 EM 製造堆肥時，腐爛細菌將被抑制，並且由於發酵作用可以製造比通常少的 堆肥。而且相比普通堆肥，通過 EM 發酵的更富含氨基酸和多醣，它們會被微生物和植物吸收。如果植物可以直接從根部吸收氨基酸，則它們可以重新利用原本會產生氨基酸和蛋白質的能量，從而產生含糖量更高的果實。

健康的土壤和清潔的水通過其中微生物群落的多樣性和平衡來維持。例如，當土壤中微生物的平衡被破壞時，土壤將變得貧瘠，農作物將無法良好生長。但是，如果天然微生物被激活，土壤條件將會改善。當土壤微生物處於平衡狀態時，植物將變得健康，因此更能抵抗疾病或有害昆蟲等壓力源造成的損害。